Sebelum berlakunya KEMENAG No: 95/1982, Pengadilan Agama yang berada di NTT (Kupang, Waingapu, Waikabubak, Ende dan Kalabahi) masuk dalam wilayah Yurisdiksi Hukum PTA/Mahkamah Syariah Propinsi Ujung Pandang, kemudian setelah berlakunya KEMENAG No: 95 Tahun 1982 tanggal 28 Oktober 1982 dibentuklah PTA Mataram yang wilayah yurisdiksi hukumnya meliputi Propinsi Bali, NTB, NTT dan Timor Timur.
Kemudian dengan terbitnya Undang-Undang Nomor 03 Tahun 1995 maka dibentuklah PTA Bengkulu, PTA Palu, PTA Kendari dan PTA Kupang. Pada tanggal 24 Nopember 1995 diresmikan berdirinya PTA Kupang bersamaan dengan dilantiknya Bpk. Drs. H. Ahmad Kamil, SH. sebagai Ketua PTA Kupang yang sekarang menjadi Wakil Ketua Mahkamah Agung RI Bidang Non Yudisial (DR. H. Ahmad Kamil, SH., M.Hum.). Kemudian setelah Timor Timur memisahkan diri dan berganti nama menjadi Repúblika Demokrátika Timor Lorosa’e maka wilayah Yurisdiksi Pengadilan TInggi Agama Kupang tinggal Propinsi Nusa Tenggara Timur saja.
Dalam kurun waktu 17 tahun perjalanan PTA Kupang ada beberapa Ketua yang memimpin PTA Kupang sebagai berikut:
Beberapa Wakil Ketua :
Jln. Perintis Kemerdekaan Oebobo - Kota Kupang - Nusa Tenggara Timur
Telpon/Fax : 0380 827611 Email : ptakupang@yahoo.co.id
Hari ini : 235
Kemarin : 713
Minggu ini : 5.705
Bulan ini : 5.705
Total : 2.656.257